近年来，随着经济的快速发展，农村环境保护越来越受到人们的重视，在政府的协调下，农业生态环境开始出现好转。农业生态系统是一个综合体系，它包括森林生态系统，草原生态系统，淡水生态系统，沙漠生态系统，村落生态系统，院落生态系统等等。要保持整个农业生态系统的良性循环，就必须保证这些生态系统的良性循环，同时还要协调各个系统的比例关系。如果比例失调，整个农业生态系统将遭到破坏，当前农村经济发展过程中，不可避免地大量使用农业机械、农药、地膜、化肥等，对农业系统产生深刻的影响。由于耕地逐年减少，不适当地耕作和经营，绿化面积急速下降，农业投入减少，加上毁林耕种，水土流失大，土壤肥力衰退，农业生态系统失衡的趋势明显。
　　 随着市场经济的发展,给农村带来了勃勃生机,村办企业如雨后春笋般的涌现出来,随之也带来了大量的环境问题。有的村办企业的兴建在很大程度上没有规划，往往是能找到什么项目就上什么项目，毫无目的和选择，也不进行充分的环评论证，而这些项目大部分是在城市受限或禁止发展的项目，如造纸厂，小化工，电镀等等。有的村办企业难以做到合理布局，农村有什么地方方便就利用什么地方，其厂址选择毫无计划性，很难令其在远离村子的地方兴建，也不便于污染的治理和集中控制。许多污染型的村办企业污染治理是因陋就简，有名无实，甚至某些企业根本就没有污染治理设施，其排出的有毒有害废水未经处理就直接排放。
　　 在目前情况下，防治农作物病虫害提高产量的主要手段仍是靠施用农药化肥。但大量施用化肥就会有越来越多的酸性基因在土壤中积累，使土地酸性化，从而降低土壤质量；大量的农药施于作物后，虽然挥发一小部分，被植物吸收一部分，但仍有很大一部分则最终残留于土壤中，使土壤的结构遭到破坏，同时被污染的土地通过雨水冲刷又会污染周围的土壤，使生态环境恶化。
　　 造成农村生态环境问题的原因是多方面的，既有历史的积淀，又有经济发展过程中出现的新矛盾，是生态效益与经济效益；眼前利益与长远利益之间的矛盾的多种体现。许多农村对环境问题毫不在乎，头脑中根本没有环境污染的概念。他们只感觉到地越种越瘦，却不知道这是长期施用单一化肥的缘故；他们为了杀死病虫害而无限制地喷施农药，却不知道生产出的粮食、蔬菜、肉类及其它农副产品的质量在下降；他们只知道生产某种产品赚钱，却不知道随意向河流、田野乱倒有毒有害物品，排放污染物的后果……虽然近几年为此不断加强乡镇企业环境管理，推广生态农业，控制化学药品和化肥的施用量，但从目前现状来看“自毁家园”的现象仍没得到有效控制，倘若如此下去，后果令人担忧。政府各部门工作职能有所交叉，出现了都管却都管不好的局面，特别是环保部门在工业污染防治方面已是轻车熟路，但对抓生态保护却不知从何处下手，有些部门工作缩手缩脚，害怕“越位犯规”，有的等待观望，嘴上喊的多手上干的少，使农村环境问题迟迟得不到解决。生态环境立法和制度不完善，虽然政府制定了相关规定和管理措施，但这些都不具备法的约束力，有令不行，有禁不止普遍存在。一些无公害和环保地膜在广大农村无用武之地，滥用农药化肥现象普遍存在。
　　 解决农村环境问题牵涉到农业技术，社会管理，市场流通等诸多方面，因而是一项复杂的系统工程。改善农村环境，除了加强环境宣传教育，还必须通过政府的宏观调控，依靠科技法制的手段来解决。通过多种形式开展农村环境保护的宣传教育，环境保护既是为民造福的事业，也是必须依靠广大干部和群众自觉行为才能真正做好的全民性社会工作。要逐步形成人人保护环境的良好社会风尚，就必须增强其环境意识，强化其环境保护观念。要通过广播、电视、报纸等新闻媒介，以通俗易懂的方式，宣传生态经济学的观点，宣传滥用农药，化肥对农田生态系统和人畜健康的危害；同时，普及综合防治技术，增强对农民的智力投资，在条件允许的情况下，举办各种培训，讲习和辅导班，提高农民的整体生态意识。建立农业生态领导机构，指导农民科学种田，农、林、牧、水产、科技能源、环保等部门通力合作，统一规划，协调工作，用生态农业的观点开发运用现有的科学技术，合理调整农业结构，充分利用耕地，形成立体农业结构和农业生态的良性循环。积极发展高效益，低能耗，、无污染或少污染的企业，控制和禁止发展有污染或重污染的企业，对污染环境并发生污染危害的企业要加大监管力度，使企业的环境保护责任与其经济效益挂钩，决不允许企业用牺牲环境为代价换取自身的经济效益。环保部门要认真开展调查研究，总结和发现生态保护工作中的经验与问题，及时向党委，政府汇报，为领导进行综合决策提出建议，主动出击，主动作为，真正发挥好环保部门在生态保护工作中的统一监督管理职能，为广大农村创造一个良好的生活和生产环境。