《小姨多鹤》的故事发生在日本投降后，在飘雪的冬日。一些女人们被县保安团劫了，用麻袋装着，在集市上当众拍卖。张石匠和老伴关大脚也挤在人群中看热闹，保安团把一个死在麻袋中的女人放在他们的驴车上，给他们一块大洋，逼迫他们把麻袋拉到镇子外面埋了。夫妻二人拉着麻袋出了镇子，发现麻袋里的人还活着，他们不忍心一个活生生的人被冻死饿死，经过一番争执，便将麻袋拉回了家。麻袋中的女子叫竹内多鹤（孙俪饰演），日本人，正是因为关大脚的善念，从此，多鹤便和张家有了一段长达三四十年的情感纠葛。
　　 日本发动的侵华战争带给中国的苦难是深重的，烧杀抢掠，更是中国妇女的噩梦，张家便是受害者之一。张石匠的儿媳朱小环（闫学晶饰演）在一个秋天里被日本兵追得跳了崖，她保住了自己的清白，却摔掉了肚子里的孩子，并且终身不能生育。张家二老为了自家香火发愁，有意给儿子张俭（姜武饰演）再续二房。只是张俭和朱小环感情很好，一直不从，事情便也作罢。
　　 得救后的竹内多鹤渐渐地信任了张家，并且融入了张家，在知道张家二老想借她的肚子替家里延续香火的时候，出于报恩，十九岁的竹内多鹤同意了。经过一番思量，朱小环也觉得让多鹤替张家生个孩子是最好的办法，省得张家再娶个小的进门，自己将来的地位受到威胁。朱小环的内心十分痛苦，闫学晶的表演在影片中诠释得非常到位，眼睁睁地看着自己深爱的男人和别的女人生孩子，就在自己楼上，她只能将自己埋进被窝里啜泣。而父命不可违，为了小环的将来，张俭硬着头皮和竹内多鹤发生了男女关系，不久，便生下了一个女孩。
　　 由萨日娜饰演的关大脚在救下竹内多鹤后，和多鹤渐渐产生了母女般的感情。为了躲避不必要的流言蜚语和麻烦，张俭带着朱小环和多鹤投奔了自己的舅舅，在城里谋得了一条生路。此时的关大脚因为思念竟然得了病，她只身一人到城里去看自己的儿子和孙女，却得知张俭将多鹤送出去了。她严令张俭将多鹤找回来，却让自己的病情加重，最终离世，没能回到和张石匠的那个家。“香火”始终盘旋在张石匠的头顶，无奈，张俭再次与多鹤发生了关系，并且如他们所愿，生下了一对龙凤胎。
　　 影片设置了很多看点，合乎于当时的国情和时代特征，而影片却是温暖的，在战争残酷的背后，让观众看到最多的是善良，是人性，而无论是从关大脚、多鹤、甚至是朱小环身上，散发的都是一种母爱的光辉。
　　 张俭在钢铁厂兢兢业业，养活着这个家，为了免遭非议，多鹤对外唤作朱二环，与朱小环姐妹相称，而因为口音问题，多鹤在外只能一直装哑巴。影片给张家的孩子们设置了一个童话，“为什么小姨只能在家里讲话，而且还不能告诉其他人小姨会说话的秘密？”对于孩子们的问题，朱小环给出了自己的答案，因为小姨是从天上偷偷跑出来的，只要她一说话，便会被天庭发现，而天神便会派小鬼来捉走小姨。孩子们纯真的心里相信了妈妈的话，为了保护他们的小姨，便一直保守着这个秘密。此时，爱是一颗种子，在孩子幼小的心里扎下了根，同时还有着一种粘合力，将一家人的心紧紧收拢，相爱相伴。
　　 张俭所在的采石场有个矿场，招募一批临时工，而为了照顾钢铁厂的家属，允许钢铁厂的工人替家属优先报名。为了生计，朱小环报上了自己的名字。而她终究是有私心的，在这里，我们看到了一个为了保护自己家庭的小女人。朱小环内心里有着深深的恐惧，她担心自己的丈夫和多鹤日久生情。他们每天同在一个屋檐下，而多鹤更是替张俭生了三个孩子，虽然孩子管她叫妈，却也成了她最大的心病。朱小环让多鹤去顶替自己，每天去采石场砸石头，而自己则在家照顾孩子，以期和孩子建立起母子之情，从而巩固自己的地位。那对龙凤胎正在吃奶，多鹤每天趁休息时间拼命赶回家，一个人穿过一道道山脉，只为了家中那对嗷嗷待哺的孩子。“女本柔弱，为母则刚”，每天奔波于采石场和家之间，容不下一丝喘息的机会，为了多挣点钱，多鹤天不亮就出门，等其他工友到达采石场的时候，她的脚边已经堆满了一锤一锤砸出来的石子，引起了同事和领导的注意。
　　 朱小环口中的“小鬼”却出现了。采石场的领导石玉良和彭瑞祥与张俭来自同一个地方，同在异乡，便互相走动，而对于貌美的多鹤，二人心里同时泛起了涟漪。
　　 石玉良丧偶，他的两任妻子都已离世，这便给他的心里埋下了阴影，“克妻”的说法在同事中流传开来，不管是认真还是玩笑，都让这个男人怯懦了。彭瑞祥有妻子，影片中从来没有出现过这个女人，或许，他口中的没有感情基础得到了印证。可为了自己的前途，彭瑞祥不敢离婚。如何来评价这个人？他保持了一份对家庭的责任，但仅仅是为了顾全自己的名声和前途，而同时，又对多鹤念念不忘。
　　 彭瑞祥觉察出了张俭家的异样，但只是觉察，拿不出证据。他利用自己职务之便，替多鹤换了一个相对轻松的工作，企图俘获多鹤的心。多鹤岂能不明白彭瑞祥的心思，但为了挣钱，她假装糊涂，同时也躲避着彭瑞祥。彭瑞祥见自己的计划落空，索性露出了自己的真面目，他借口来到张家，知道家中只有多鹤，便企图玷污她。多鹤不从，和彭瑞祥厮打，被回家的张俭救下。
　　 张俭痛恨彭瑞祥，但没有告发他，只是逼他写下认罪书，承认自己的流氓罪行。面对自己的前途，彭瑞祥同意了。然他丝毫没有悔意，处处刁难张家，无耐张俭有字据在手，这便成了他最大的心病，也为之后的张家埋下伏笔，磨难正在向他们靠拢。
　　 多鹤向石玉良吐露了心声，也将自己的遭遇告诉了他，两个有情的人走到了一起。
　　 处于叛逆期的张俭之子张刚和家人发生了矛盾，他把彭瑞祥当作依靠。对多鹤无望、加之认罪书的耻辱，使得彭瑞祥的怨恨逐渐膨胀，他利用张刚之手，揭发了张俭私藏日本女人，并且想给她安上特务的罪名。然而他始终没有得逞。
　　 石玉良和多鹤结婚了，两个人有了自己的小家，对于这来之不易的幸福，石玉良很幸福，他逐个车间分发自己的喜帖，想把喜悦公之于众。此时却发生了意外。张俭意外失手，砸死了前来发放喜帖的石玉良。婚礼破碎了。
　　 “是你杀死了小石，你这个杀人犯。”
　　 失控的多鹤发疯般地冲向张俭。这个情感的迸发点，仿佛将多鹤多年隐藏的情绪都发泄了出来，在影片中唯一一次表现出了绝望，无论是影片还是演技，情感流露都恰到好处，将影片推向了一个高潮。
　　 然而就是这一句话，成了彭瑞祥的手中的把柄，以故意杀人的罪名将张俭控制了起来。本来张俭之女张春美通过自己努力考取了文艺兵，此时正在即将开动的火车上。就是这场变故，不仅让彭瑞祥扳倒了张俭，更葬送了张春美的前途，导致张春美精神崩溃，让张家陷入前所未有的恐慌。
　　 张俭被抓了，张刚一心为彭瑞祥做事，张春美疯了，而张春美的双胞胎弟弟，也正在上山下乡的队伍中，朱小环一夕之间发生了中风，只有多鹤能为张俭的事奔走。彭瑞祥却并未闲着，组织迟迟没有定罪于张俭，这让他不能安生。他决心做最后一击。
　　 彭瑞祥利用张刚之口，将张家的情况告诉于张俭，这让张俭如坐针毡。而彭瑞祥却安排打开了门，让张俭成功“越狱”。张俭被捕了，不再是之前的过失致人死亡，还加上了越狱的罪名，彭瑞祥得逞了。
　　 疯了之后的张春美只认识多鹤，她连自己的妈妈朱小环都不记得。只有此时，多鹤才听见自己的孩子叫着自己“妈妈”。只是这太苦涩，即便在心里祈祷有这样一天，却不愿意看见眼前这一幕。多鹤的肩膀上再次扛起了张家全部的重担，之前是香火，这次，便是张家的希望。
　　 她靠给人送煤球维持着这个家，而每次出门，要用一根绳子将张春美拴在自己的腰上，以防孩子走失。煤场的大姐不忍心，主动提出了让张春美在自己办公室玩，以此减轻多鹤的负担。多鹤打听到有一位医生能医治朱小环的中风，而她实在没有能力背着朱小环上门求医，便数次登门，更是拿出了结婚时石玉良送给她的戒指充当医药费。医生的妻子是个日本人，知晓多鹤也是日本人后，更被多鹤打动，劝说先生出门看诊。
　　 张春美走丢了。她独自走到了钢铁厂，站在车间唱歌。彭瑞祥仿佛看到了多鹤的影子，将她带到了自己家里。他诱骗张春美脱下了自己的衣服，欲行流氓之实。
　　 及时赶到的多鹤阻止了这场悲剧的发生，也让张刚看到了彭瑞祥的无耻，彻底与彭瑞祥分道扬镳，重新回到了家中。他帮多鹤送煤球，补贴家用，让朱小环和多鹤有了些安慰。而朱小环也在康复之中，医生更是提出了一个大胆的计划，或许有希望治好张春美的病。
　　 朱小环好了，张春美好了，而经过多鹤的多方努力，张俭的案子得到了昭雪，彭瑞祥也进了监狱。我们重新看到了曙光，看到了张家的希望。
　　 在影片的最后，多鹤的母亲通过政府组织寻找到了多鹤，而她已经双目失明。迟到了几十年的相见，让这对母女终于能再诉离别之苦，令人动容。
　　 关于日本发动的侵华战争，对中国造成的伤害是不能弥补的，我们见到了太多的家庭破碎，妇女惨遭凌辱，百姓流离失所。九一八事变、南京大屠杀，每一件都是血泪的见证。然而影片传达给我们的却是一种温暖，一种关于人性的考量。张石匠夫妇在救人之初，只是因为对方是一条生命，在救人之后，关大脚流淌出的母爱温暖着多鹤，处处维护，犹如咿呀学语的孩童，一字一句，连比带划地让她逐渐融入到了新生活，让她双眸里的惊恐变成了信任，二人演绎了一段毫无血缘关系的母女之情。对于朱小环，带着对张俭的爱，也带着传宗接代的信仰，将自己的丈夫拱手相让，推进另外一个女人的帐中。无疑，在整部剧中，朱小环是悲情的，看着自己的丈夫对另外一个女人好，并且还生养了三个孩子。她同样流露出了母爱，保护着三个孩子，为了这个家的稳定将眼泪咽进心里。对于张俭，同样生活在煎熬之中，面对多鹤，他的感情是复杂的，由感激，演变成了爱慕，而他需要处处压抑自己的情感，在得知多鹤将与石玉良结婚之后，为防止受到彭瑞祥的陷害，将自己的护身符——彭瑞祥的认罪书交到了多鹤手中。他所承担的是责任，无论是对身为妻子的朱小环，还是多鹤，他都以期选取一种伤害最低的方式，来平复这错综复杂的情感。对于主人公多鹤，她为这个家付出了自己的所有青春年华。如果影片一开始是出于报恩，那发展到最后，她的生命就已经交给了出自于自己腹中的三个孩子。为了这三个孩子，也为了最初的承诺，她始终没有对孩子说出秘密，以小姨的身份，看着自己的孩子围绕在别人身边，叫着别人“妈妈”。而当张家经历那些大起大落的时候，她没有选择离开，而是以一己之力，扛起了张家的整个希望，不管是孩子们、朱小环、或者张俭，这个女人都没有放弃。
　　 我们看到了很多人性的光辉，一种源自于心底的善良。穿梭在彼此心中的是爱，如那位医生，冒着非法行医的风险；如张春美的老师们，为了唤起张春美的记忆，一遍一遍地排练……
　　 爱，没有距离，没有国界，没有语言的障碍。战争是冰冷的，战争过后的创伤需要多久来平复？我们无从得知。然而在组成这个大世界的时候，是每一个小人物的善良，给了我们希望；是一星一点的温暖，来融化彼此之间本应坚不可摧的堡垒；我们相信，活着才有希望。如关大脚，用最初的一丝怜悯，便书写了这个温暖的故事；而在多鹤母亲身上，看着自己的亲人一个个离去，或许支撑她活下去的，便是那音信全无的多鹤，也正是这份母爱的坚守，让她重新得见自己的孩子。所以，组成这个故事每一个人、每一份情感，都在温暖着观众的心。
　　 即使跨越万水千山，趟过浓烈的血缘之情，爱，一直流淌在每一位善良的灵魂里。无界，无疆。