散文开篇写作者在东京的所见所闻。
　　 不知读者注意没有，鲁迅先生写东京的所见所闻，只写了清国留学生的表现，其它只字未提。这就说明鲁迅先生极大地关注着清国留学生。鲁迅先生为什么要这样呢？这可结合当时的时代背景来理解。当时的中国，积弱积贫，统治中国的清政府又腐败无能，以致帝国主义列强可以任意欺凌侮辱中国。当时的清政府，对帝国主义国家是作揖磕头，割地赔款，忙得不亦乐乎。清政府深深地体会到了任人宰割卑躬屈膝那痛苦不堪的滋味，他们为了改变现状，向先进国家派出留学生，学习先进的科学技术，希望学成回来后能富国强兵。与此同时，中国的许多志士仁人，先驱者们，也在积极寻找救国救民的道路。像实业救国、教育救国、文化救国、医学救国等等。鲁迅先生寻找的是医学救国的道路。这一方面是与他父亲有关。鲁迅先生的父亲是病死的。鲁迅先生认为，他父亲是被庸医所误。另一方面，当时中国被称为“东亚病夫”。所以，鲁迅先生想通过学医，改变国民的体质，使国民都有强健的体魄，这样中国就能甩掉“东亚病夫”这顶屈辱的帽子而强大起来。当时，寻找医学救国道路的，还有一位鼎鼎大名的人物，那就是伟大的革命先躯者孙中山先生。只是孙中山先生是在美国学医的。
　　 鲁迅先生在东渡日本时，曾写有一诗明志：“灵台无计逃神矢，风雨如磐暗故园。寄意寒星荃不察，我以我血荐轩辕。”最后一句中的“轩辕”是指中国。这句诗表明作者为了祖国甘愿献出自己的鲜血和生命。正如曹植诗云：捐躯赴国难，视死忽如归。”可以想象，当心怀强烈爱国主义思想情感的鲁迅，在东京看见同胞——清国留学生的表现，心中的气愤是可想而知的。
　　 那些清国留学生在东京都干了些什么呢？
　　 他们一是赏樱花。樱花是日本人的国花，在樱花盛开的时候，“望去确也像绯红的轻云”。而在赏景的人群中，自然少不了成群结队的“清国留学生”的速成班。可见清国留学生把灾难深重的祖国早已忘诸脑后，却在这里附庸风雅。
　　 二是盘辫子。当时，许多的爱国之士，他们为了表示与清政府决裂，都把自己的辫子剪掉了。然而清国留学生却把大辫子留了下来。那时外国人对中国人的这条大辫子有一个很轻蔑的称呼：“猪尾巴！”清国留学生也知道，如果把这条辫子拖在背后，定会遭日本人的嘲笑和讥讽的。为些，清国留学生把辫子盘起来，“形成一座富士山”，或者解散辫子，盘得平平的，“油光可鉴”。清国留学生愈是想掩盖自己的丑态，结果却是愈加地丑态百出。“实在标致极了！”鲁迅按捺不住心头的怒火，用这么一句反语，给予了极为辛辣的嘲讽！我们可从清国留学生盘辫子看出，他们是一群思想腐朽的人，他们死死地抱着清政府不放，成为清政府这株腐朽了的大树下的蛀虫。鲁迅先生之所以在留学生之前冠以“清国”二字，为的是把他们与像鲁迅先生这样有着强烈爱国主义思想的留学生区别开来。
　　 三是学跳舞。如果把清政府比成一个家，那这些清国留学生无疑是“败家子”，“混帐东西”。清国出钱派他们来学别国先进的科学技术，可他们呢？却学跳舞。这不由让人想起钱钟书《围城》里的方鸿渐。家人送他到国外留学，回来时，大家以为他学业有成，有学校校长请他去为学生做报告，他却在主席台上大讲特讲“梅毒”这些西方的垃圾。清国留学生与《围城》里的方鸿渐是一路货色。他们都是不学无术，比南郭先生还南郭先生。
　　 文章开篇写这些内容，一是为作者到仙台去见到藤野先生埋下伏笔，二是将清国留学生与作者自己做对比，突出作者爱国思想。这方面，后面再谈。
　　 东京因为有清国留学生充斥，令鲁迅先生非常失望。“东京也无非是这样。”“无非”二字，流露出作者对清国留学生的极度失望。于是，鲁迅先生从东京去仙台。
　　 鲁迅先生在去仙台的路上，只记起两个地名：“日暮里”和“水户”。何以鲁迅先生只记得这两个地名？想来是“日暮里”让鲁迅先生想到“日暮乡关何处是？烟波江上使人愁”这诗句。从这诗句，鲁迅先生自然想到故乡，想到祖国，而此时的故乡、祖国灾难深重，亟盼着她的儿女回去拯救，于是，鲁迅觉得自己的肩上的担子沉甸甸的；至于水户，因为“这是明末遗民朱舜水先生客死的地方”。朱舜水这么做，与不食周粟的伯夷、叔齐一样，表现出的是一种气节，也就是对前朝的忠诚，而这份忠诚，就是我们说的爱国主义精神。鲁迅先生也是一个有着强烈爱国主义精神的志士仁人，于是，他与朱舜水在爱国这思想感情上发生了共鸣。
　　 鲁迅先生到了仙台，受到了优待。对于这份优待，鲁迅先生是以调侃的语气来写的。这也就透露出鲁迅先生从这优待中，感受到的是做为弱国子民的辛酸。这里写的学校几位职员对我的操心，是对藤野先生起到正面的衬托作用。表明日本人民中，有很多人还是热情善良，富有同情心的。
　　 这里还值得一提的是鲁迅先生在仙台求学的艰苦的生活。一是住宿，得“用被盖了全身，用衣服包了头脸，只留两个鼻孔出气”才能睡安稳，二是生活，鲁迅先生所住的客店也包办囚人的饭食。也即是说，鲁迅先生当时的生活与囚人的生活差不多。然而鲁迅先生对如此艰苦的生活是毫不在意的。这可从他的叙述中看出来。“在这呼吸不息的地方，蚊子竟无从插嘴，居然睡安稳了。”“我虽然觉得客店兼办囚人的饭食和我不相干，然而好意难却，也只得别寻相宜的住处了。”鲁迅先生之所以毫不在意艰苦的生活，因为他来日本是寻求救国救民的道路，不是来享福的。读到这里，我们自然会联想到前面所描写的清国留学生。清国留学生条件优裕，然而他们不学无术，一天到晚学跳舞，鲁迅先生条件很差，可他却发愤攻书。经过这么一对比，我们就会发现鲁迅先生与清国留学生之间有着天壤之别的了。
　　 行文至此，才直接写藤野先生。
　　 藤野先生一登场亮相，给读者的印象是治学严谨。他戴着一副眼镜。在那个年代，眼镜会让人想到这人有学问。当然，如果单从一副眼镜就确定这个人有学问，那也太滑稽了。再看下面的文字：“挟着一叠大大小小的书。”“那些大大小小的书，便是从最初到现今关于这一门学问的著作。” 由此可见，藤野先生为了自己所讲授的知识，查阅了大量相关的资料，这也足以证明他治学的严谨。同时也说明藤野先生对学问的钻研既深又广。接下来是一留级生讲述了藤野先生的一则掌故。藤野先生穿衣服模糊，有时竟会忘记打领结，有次坐火车，管车的疑心他是扒手，叫大家小心些。这位留级生是把这则故事当成笑话来说的。其实这表明了藤野先生的一大特点：生活俭朴。而这特点应该是许多学者所具有的。《闻一多先生的说和做》里面写有：“杜甫晚年，疏懒得‘一月不梳头’。闻先生也总是头发零乱，他是无暇及此的。”他们何以会这样呢？就是因为他们把自己的时间和精力主要花在做学问上了。
　　 接下来文章通过四件事来刻画藤野先生。
　　 第一件事是藤野先生为我添改讲义。“原来我的讲义已经从头到末，都用红笔添改过了，不但增加了许多脱漏的地方，连文法的错误，也都一一订正。”这一事例表现了藤野先生对待自己的工作是多么认真负责的啊！
　　 第二件事是纠正解剖图。我在画解剖图时，只是把血管移动了一点位置。然而却未能逃脱藤野先生的法眼。他不但帮我改过来，还特地叫助手把我叫去，对我进行循循善诱。这既表现藤野先生对学生要求严格，同时也表现他要我像他一样，尊重事实，要有求实的精神，还有就是藤野先生善于对学生做耐心细致的工作。
　　 第三件事是担心我不敢解剖尸体。这件事表现了藤野先生的热情诚恳。
　　 第四件事是了解中国女人裹脚。因为藤野先生是日本人，而日本女人是不裹脚的，裹脚的只有中国女人。中国女人裹脚，是中国的传统陋习，是中国封建礼教对中国妇女的摧残。那时，“三寸金莲”在人们眼中可是美仑美奂的了。藤野先生当时在研究骨学，他想知道骨学中这一奇特现象，他无法获得第一手材料，便只能通过我获得第二手材料。这表现了藤野先生在做学问上的求实精神。
　　 文章通过这些内容对藤野先生的描写，已成功地塑造了一个治学严谨、生活俭朴、工作认真负责、对学生既严格要求又热情诚恳、有着求实精神的好老师的形象。
　　 接下来是匿名信事件。这次事件中所写的日本的所谓“爱国青年”，这是些有着狭隘民族主义的青年。他们怀疑鲁迅先生上年解剖学考及格这成绩。认为是藤野先生漏了题给鲁迅先生。因为他们认为：“中国是弱国，所以中国人当然是低能儿，分数在六十分以上，便不是自己的能力了。”这纯粹是他们的混帐逻辑。鲁迅先生用看似轻描淡写的一笔“也无怪他们疑惑”来表达了自己极大愤懑的心情。这里所写的“日本爱国青年”对藤野先生起到了反衬的作用，用他们狭隘的民族主义，反衬藤野先生的毫无民族偏见。
　　 最后是看电影事件。
　　 这次事件对鲁迅先生的触动之大可说是空前的。它使得鲁迅先生从先前的医学救国改变为文学救国。那这是怎样的一次事件呢？原来电影中播放的是日俄之战。“但偏有中国人夹在里边：给俄国人做侦探，被日本军捕获，要枪毙了，围着看的也是一群中国人；在讲堂里的还有一个我。“万岁！”他们都拍掌欢呼起来。
　　 这种欢呼，是每看一片都有的，但在我，这一声却特别听得刺耳。”
　　 很明显，这被枪毙的和围观的中国人，他们一个个并非是病恹恹的，而多是身强体壮的。可是他们都在做些什么呢？正如鲁迅先生所说的：“凡是愚弱的国民，无论其体格如何健全，如何茁壮，都只能做毫无意义的示众的材料和看客，病死多少是不必以为不幸的？所以我们的第一要著，就是要改变他们的精神？”于是，鲁迅先生决定弃医从文。这也使得鲁迅先生与藤野先生惜别。
　　 通过以上分析，我们可以得出，这篇文章要表达的是，作者在寻求救国救民的道路上，遇到了一位良师，他给予作者的影响主要是精神上的，即作者在文中所写的：“他的性格，在我的眼里和心里是伟大的，虽然他的姓名并不为许多人所知道。”所以，在文章结尾时，作者写自己在夜间疲倦，正想偷懒时，一看见藤野先生，“忽又良心发现，而且增加勇气了。”