萍浏醴起义使革命党人精神振奋。东京的同盟会员莫不激昂慷慨，怒发冲冠，亟思飞渡内地，身临前敌，与虏拼命，每日到机关部请命投军者甚众。孙中山、黄兴也及时派宁调元、杨卓霖、段书云、权道涵、禹之谟、李发根、廖德璠、胡瑛、孙毓筠等会员赶回国内，赴苏、皖、湘、鄂、赣等省发动起义，以图响应。但是由于清政府急调湘、鄂、赣、苏等省军队5万多人四面围剿，起义军仅凭从地方团防局拿来的二、三千支枪，同清军奋战近一月，交战20余次，表现了英勇顽强的战斗精神，终因寡不敌众而失败。龚春台、蔡绍南逃走，魏宗铨、刘道一，会党领袖冯乃古和许多起义民众被杀。
　　 湖北革命团体科学补习所被破坏后，刘敬安等组织日知会，继续进行革命活动。被派到武汉筹建同盟会湖北分会的余诚，完全依靠日知会进行工作，并参加了日知会。萍浏醴起义之后同盟后派人到湖北策动响应，由于叛徒的出卖，刘敬安等被捕。在敌人法庭上，刘敬安挺着胸膛，慷慨陈言中国的危难，宣传救亡和革命的必要。敌人百般拷打，使他遍体鳞伤，从头到脚没有一块完整的皮肤，昏死过去多次，稍微清醒一点，又戟指骂敌不绝，当时被人们称为铁汉，最后死于狱中。
　　 禹之谟被捕后，也遭到种种酷刑，他坚贞不屈，于1907年1月就义。就义前，他是大义凛然地宣告：“躯壳死身，我志长存。”
　　 他们视死如归的精神，激励着人们继续斗争。
　　
　　
　　 三、孙黄同志情
　　 从1907年5月至1908年4月，在孙中山的直接领导下，同盟会在华南沿海和沿边地区连续发动了6次武装起义，即1907年5月的饶平黄冈起义，6月惠州七女湖起义，9月的防城起义，12月镇南关起义，1908年3月的钦州马笃山起义和4月的云南河口起义。
　　 孙中山的战略思想是：在华南沿海和沿边地区起义，夺取两广为根据地，然后挥师北上，长江南北革命党人齐起响应，从而推倒清朝。但是，历次起义都失败了，失败的根本原因在于革命党人缺乏依靠群众，发动群众进行长期艰苦战斗的决心。他们之所以选择在华南沿海和沿边地区起义，主要是为了便于从海外接济饷械。起义后，往往因为饷械接济困难，在清军的镇压下，便解散起义队伍。历次起义人数最多的也不过一千多人，其中好几次都只是几百人的冒险突击。
　　 萍浏醴失败后，清廷了解到同盟会是萍浏醴起义的策动者，便要求日本政府驱逐孙中山出境。1907年3月4日，孙中山被迫离开日本赴越南。他到河内后，立即在甘必达街61号设立了领导西南武装起义的总机关，准备就近擘划广东、广西和云南三省的起义。
　　 这年4月，孙中山为了便于牵制清朝军队，决定在粤西的钦州（今属广西壮族自治区）、廉州和粤东的潮州、惠州四府同时起义。他派出胡汉民往香港做策应工作，函召黄兴从东京前来协助，并亲自在旅越华侨中募集起义经费，积极地进行组织起义的准备。5月，又派黄兴、胡毅生赴郭人漳、赵声营中鼓吹革命，运动新军反正；并委任广西三合会首领王和顺为中华国民军南军都督，负责联络会党及领导钦廉地区起义军事行动。
　　 此时，被孙中山委任为中华国民军在军都督的许雪秋，也在岭东一带的潮州、汕头等地积极联络会党，准备起义，孙中山指示潮州、惠州同时起义。但在准备工作尚未就绪之时，因潮州方面机谋泄露，清军到饶平县黄冈镇进行搜查镇压，革命党人陈涌波、余既成（原三合会首领）等急于应付清军，被迫违背孙中山的指示，等不及许雪秋从香港前来指挥，于5月22日聚众700余人仓促举事，爆发了潮州黄冈之役。起义军于次日占领黄冈，成立军政府，推举陈涌波、余既成为正、副总司令。同时，以“广东国民军大都督孙”等名义发布檄文，宣布免除苛捐杂税，使得附近各地清朝官员望风潜逃。5月25日，起义军准备进取潮州，与清军激战于讲洲港，后败退黄冈。这次潮州起义，在清军大举进攻下，坚持战斗了五天，因粮械短缺而失败。5月27日，陈涌波、余既成等为保存实力，以图再起，遂解散起义军。余既成等人由海道潜赴香港。
　　 5月底，孙中山派在惠州地区筹划起义的同盟会员邓子瑜等，听说黄冈之役已发动，并不知此役已失败，却领导一部分会党武装于6月2日在归善（今惠阳）县七女湖响应。他们先劫夺了清军防营的枪械，击毙巡勇及水军巡船哨弁多人；接着，先后攻克泰尾，夺取杨村、三达、柏塘等墟、村。义旗一举，各乡会党立即响应，纷纷前来参加。起义军和清军战斗了十多天，虽多次击败清军，但终因寡不敌众，加以缺乏弹药，起义队伍迫不得已于6月中旬，将武器埋在地下后自行解散。
　　 6月29日，许雪秋接方汉城等人报告，潮州、汕头起义军已解散，只好回香港，向孙中山发电汇报。马仲山让他与萱野长知同赴河内。许雪秋向孙中山诉说枪械落后落败之因，就让菅野去日本用一万多元购得一船枪械，到香港被当局阻挠，日船返回日本，枪械被日本政府没收。
　　 惠州之役失败后不久，同年9月1日，孙中山命王和顺率200余人起义于钦州王光山，爆发了钦州、防城之役。起义军于5日攻占了防城，擒杀县令宋鼎元等。随后移师攻袭钦州城及灵山等地，在云秀桥、狮子口等处与清军激战。均未得手。先后发布了《告粤省同胞书》、《告海外同胞书》及《招降满州将士布告》三种起义文告。他们在战斗中扩大了队伍，发展到三千多人，并攻下了防城。孙中山闻知此讯，立即从河内派人四处募款购械，准备接济。当时起义军并未和当地农民武装——抗捐队伍相结合，形成孤军作战，孤掌难鸣之势；加上清朝新军统领郭人漳一面诈称“赞成革命”，一面又派兵袭陷防城，使起义军腹背受敌。他们坚持到9月中旬，因枪械弹药和军需给养均发生困难，最后不得不退入粤、桂两省交界的十万大山中。
　　 钦州、防城之役后，孙中山又和黄兴计划从越南袭取要塞镇南关（今友谊关），进攻广西。镇南关介于中、越两国之间，为广西游勇活动之地。此关与尹宜关、水口关共三关，都是广西重要的军事要害，特别是镇南关被当时法国人称为“第二旅顺口”。孙中山为配合防城起义军进取西南，过去曾派革命党人往游勇中宣传革命思想，争取他们参加反清斗争，并取得了一些成果。9月，他又委派王和顺为镇南关都督，前往桂边那谟村，同早与革命党有联系的凭祥土司李祐卿联系，议定了攻取镇南关的计划。但李祐卿所部游勇不服从绿林出身的王和顺调动。王和顺无奈则返回国内。孙中山改命游勇首领黄明堂为都督，以李祐卿为副都督，王和顺仍协助黄、李二人。黄明堂与镇南关炮台清军守兵迅速联系成功。12月2日黎明，黄明堂与另一游勇首领关仁率那谟村游勇80多人和越南革命者等80多人，携枪42支，猛烈攻击镇南关。他们用绳索拴住身体，从悬崖断洞坠吊到镇南关上，闪电般猛袭。
　　 镇龙关镇南、镇中、镇山一共三座炮台，均被义军攻占。三面黄龙旗无力地从旗杆上脱落，三面青天白日旗缓缓地升上杆顶。
　　 12月3日早晨，孙中山率黄兴、胡汉民、胡毅生、卢仲琳、张翼枢等20余人，准备亲自奔赴前线。但前线形势微妙难辨，胜负莫测，孙中山亲自前去的确是冒了极大的危险。众人劝孙中山不住，他把生死置之度外，决定亲赴前线指挥战斗。临别之际，慷慨悲壮，大有一去不复返之气概，此情此景，连跟随孙中山多年，性情果敢刚毅的革命伴侣陈粹芬也忍不住流下了眼泪。
　　 1907年12月4日，孙中山、黄兴、胡汉民，还有日本作家池亨吉和来远东度假的法国炮兵大尉狄氏一行驱车到镇南关，他们步行到文渊镇。迎接他们的起义军代表向孙中山汇报了占领镇南关的情况。孙中山兴奋地说：“从镇南关打到山海关，清廷就完了！”
　　 为了鼓舞士气，孙中山一行在伸手不见五指的夜晚，沿崎岖山路上了镇南关。借着炮台上的灯光，孙中山、黄兴久久注视青天白日旗。孙中山眼眶里溢满了激动、欣喜的热泪。已经12年了，孙中山海外流亡，到处筹款；黄兴国内带兵，数次起义。为了攻下这镇南关炮台，孙、黄在安南的法国总督府会见了总督。
　　 孙中山：（用英语坦诚以告）总督先生，本人对贵国前王拿破仑是十分佩服的，他曾带领他的同志与民众，结束了路易王朝的专制，创立了共和国，为世界革命树立了榜样。我们中国的革命党人正在从事着法国所进行过的革命，推翻满清专制暴政，在中国创建共和。我和黄先生郑重请求总督予以支持。
　　 总督：……（思索良久）作为个人，我可以让你们的人和武器从安南经过。不过，我也有个小小的条件。
　　 孙：什么条件？
　　 总：消灭那谟村的游勇，至少要有效地阻止他们对法国人的骚扰。
　　 孙：（对黄）那谟村，是什么情况？
　　 黄：（点头，示意孙中山翻译，然后坚定而自信地说）请总督先生放心，给我５天时间，我可以首先以他们停止对法国人的骚扰，作为我们这次借道的保证。
　　 总：（惊讶地）５天时间？请问孙先生，这位黄先生认识那些人么？
　　 孙：认识。不过，请相信黄先生所作出的保证，他是一位从不食言的大丈夫！
　　 总：嗯，懂了，懂了，男子汉、大丈夫，大丈夫是最守承诺的。
　　 五天之内，黄兴以革命党首领身份，以他那与马福益并肩作战的经历，并对那谟村游勇们晓以革命与爱国之大义，不仅使他们暂不骚扰法国人，还团结他们攻下了镇南关３座炮台。
　　 炮台是攻占了，可一打开库门，只看到了几箱勉强能算之炸弹的东西，其他物品均无，库空如洗，连已损坏的大炮之配件也找不出一件来。清廷拨来镇守边陲的军费，几乎都进入了官僚的私囊之中。
　　 清军当然清楚炮台上的实况，他们是一定会反扑重夺炮台的，局势十分严重。
　　 这一夜，边关起风，豪雨滂沱。孙、黄共一帐篷，草堆上风雨联“床”，抵足而眠，其实谁都睡不着，两人几乎交谈了一个通宵。
　　 他们谈了多次起义的失败，也谈到多位同志的牺牲。孙中山坚持要上战场亲手夺敌，而黄兴却千方百计要说服孙中山远离战场，绝不能在此与敌人同归于尽，中国可以没有黄兴，但决不可没有孙中山。黄兴没有把他离开东京时就已出现的“倒孙热潮”告诉孙中山，因为他们对孙中山多次领导起义都失败而完全失望。黄兴认为这个情况暂时不能告诉孙中山，当务之急是劝他及早离开战场。正当黄兴思索、踌躇之间，刚睡下的孙中山又坐了起来：
　　 ——没下雨了，克强，上炮台去看看好么？
　　 ——嗯，（站起身来）我想先去看看那位法国大尉，再去看看展堂（胡汉民）。
　　 ——狄氏（法国退伍炮兵军官，大尉，孙中山先生请来的）不用看，这家伙只要有鸦片烟，会努力替我们杀贼的。展堂呢，我临睡前去看过他，他睡得沉沉的，病好多了。
　　 孙、黄关心地询问了值勤义士，便一起走到威严的大炮身旁。
　　 炮台下是一片平坦的田野，通往炮台的唯一管道像一条白绸条从与田野紧连的丘陵谷口下伸展过来。
　　 ——克强，只要炮火能封锁那个路口，再坚守几天该是可能的吧！
　　 ——可是，先生，测距器失灵了，一切全有赖于那个大尉的眼睛。万一……先生，这儿决非久留之地，你还是先去日本或者先回安南筹钱吧。
　　 ——不，克强，12年了，我连作梦都想着能在自己的国土上参加战斗。即或大炮失灵，清军扑到炮台下，我也可以操枪杀敌啊。
　　 ——不，还是请你在天亮之前，离开这儿吧，料理前敌，自有黄兴、展堂、黄明堂等人在啊。
　　 ——别再劝我了，克强，文虽无冲锋陷阵之勇，但可任救伤之劳啊，你可知道，我可是个曾经挂牌的名医。（南方的阳历冬月，黎明前也有几分寒意，北风一吹，身子不由自主地瑟缩了一下。）
　　 ——（取下肩上的大衣给孙中山披上）先生，还是回帐篷去吧，打个盹，也好有精神操枪杀敌啊。
　　 ——帐篷里闷气，还是这儿好。（把大衣横披搭在自己和黄肩上，二人又说到目前局势和党员心理状况，等谈到最近陶成章等人，以几个省代表名义搞了个《孙文罪状十四条》时，生气地）党员怎可如此攻击总理？什么罪状十四条、十三条？说到底，是我的发动几次起义全都失败了，是上次我离开日本时，只给《民报》留下二千元作经费，章太炎嫌太少引起的。钱，钱，筹集钱容易么？即或有分配不当之处，也不该中伤我入了私囊！（激动得身子一动，大衣掉在了地上）
　　 ——（默默地从石阶上拾那件双排扣大衣，整个儿披在孙中山肩上）先生，请放心，等打完了仗，我就赶回东京去！
　　 天亮了，狄氏大尉向跑到丘陵口的清军打了几炮。孙中山夸奖他，他更来劲。
　　 看到狄氏连打出几炮，太累了，孙中山接着也向清军打去了两炮。
　　 黄兴是百发百中的神枪手，一口气打死了十七名清军。
　　 好歹把清兵挡住了一天。但黄明堂汇报说，武器不够，只有几支老式破枪，龙济光已至，四千多清军已增援上来，陆荣廷更加有恃无恐，拼命攻击，孙中山一行不撤退不行了。
　　 孙中山一行只得在黄昏的豪雨中，连滚带爬下了山，回河内赶筹经费、武器。