《二曲集》虽成书于清初，但当时的清朝统治者却极力推崇程朱理学，而猛烈攻击王阳明学，同时在广大学者中也极力贬低阳明学。在这种情况下，李颙却认为阳明学和朱子学正是“明体适用之学”，《富平答问》指出：后世学者都不善学阳明学和朱子学，以为朱王之学水火不相容，这是相当错误的。阳明学有“明体”的作用，而朱子学有“适用”的意义。故“必也，以致良知明本体，以主敬穷理、存养省察为工夫。由一念之微致慎，从视听言动加修，庶内外兼尽，姚江、考亭之旨不偏废，下学上达，一以贯之矣。”只有这样，才能“明体适用”。李颙认为，为学能否以“明体适用”为根本，关系到儒学的明晦。“儒学明晦，不止系士风盛衰，实关系生民休戚，世运否泰。儒学明，则士之所习者，明体适用之正业，处也有守，出也有为，生民蒙其利济，而世运宁有不泰？儒学晦，则士之所攻者，辞章记诵之末技，处也无守，出也无为，生民毫无所赖，而世运宁有不否？”由此可见，《二曲集》所论述的“明心、体理、修身”之学，乃是所谓“明体适用”之学，其作用与意义在于“治乱世”、“醒民心”。
　　
　　 四、主张“明体适用”。
　　 在《答顾宁人先生》论学书中，李颙与顾炎武反复辩论体用问题，指出：“明道存心以为体，经世宰物以为用，则体为真体，用为实用。”他说“明体而不适用便是腐儒；适用而不明体便是霸儒”，又说“明体适用之正业，处也有守，出也有为，生民蒙其利济，而世运宁有不泰?”并强调“道不虚谈，学贵实效，学而不足以开物成务，康济时艰，真拥衾之妇女耳。亦可羞己!”李颙的“明体适用”成为一家之言，闻名海内是宋明理学家所没有的。
　　 为了阐明他的这一重要思想，《二曲集》在《体用全学》中，将学术分为“明体类”和“适用类”。属于明体类的学术有：《象山集》、《阳明集》、《龙溪集》、《近溪集》、《慈湖集》、《白沙集》，以为这是“明体中之明体也”。此外还有《二程全书》、《朱子语类大全》、《朱子文集大全》、《吴康斋集》、薛敬轩《读书录》、《胡敬斋集》、罗整庵《困知记》、吕泾野《语录》、《冯少墟集》等，这些是“明体之功夫也。”指出：“自象山以至慈湖之书，阐明心性，和盘倾出，熟读之，则可以洞斯道文之大源。夫然后日阅程、朱诸录及康斋、敬轩等集，以尽下学之功，收摄保任，由工夫以合本体，由现在以全源头。下学上达，内外本末，一以贯之，始成实际。”除上述著作外，还有《邹东廓集》、《王心斋集》、《钱绪山集》、《薛中离集》、《耿天台集》、《吕氏呻吟语》、《辛复元集》、《魏庄渠集》、《周海门集》，也可以作为参考教材。
　　 “适用类”的著作有：《大学衍义》、《衍义补》、《文献通考》、《吕氏实政录》、辛复元《衡门芹》与《经世石画》、《经世挈要》、《武备志》、《经世八纲》、《资治通鉴纲目大全》、《大明会典》、《历代名臣奏议》、《律令》、《农政全书》、《水利全书》、《泰西水法》、《地理险要》等。指出：“以上数种，咸经济所关，宜一一潜心。”
　　 从上述所列的主要思想学术著作来看，李颙所主张的“明体适用”之学，其所谓“明体”，即指道德心性的修养——弄通理论问题，要精心研习程、朱、陆、王的心理之学，取舍其间，明道存心。其所谓“适用”，则指治国平天下及其有关的政治、军事、律令、农田、水利、地理等的应用，要求学会经济实学如礼、乐、兵、刑、赋役、弄屯，乃至外国水法等等，并且必须紧密联系实际，不可须臾分离。
　　 在每部书之后，李颙都写了按语，指出每部书的性质和意义，在“明体”或“适用”方面占有怎样的地位。这些反映了李颙的学术价值取向，最明显的是他把陆九渊、王守仁等人的著作看成“明体中之明体”，而把二程、朱熹等人的著作，只看成“明体中之功夫”，反映了他倾心于“心学”。既要明道存心，又要经世宰物，则只辨古今疑误字句，考据训诂，或求于口耳见闻之间，只是求末。由此可见，李颙虽大谈道学心性修养，但他却是以实用为指归的。
　　 尤其在“适用类”方面，他把《经世挈要》、《武备志》、《农政全书》、《水利全书》、《泰西水法》、《地理险要》等书列入教材范围，这表明他对实际学问确实关心。如《经世挈要》一书，其内容涉及屯田、水利、盐政以及国计、选将、练兵、车制、火攻等。《武备志》的内容包括古今战阵以及用兵之法，其中《孙子》、《吴子》、《纪效新书》、《练兵实纪》都是古代兵家的经典著作。而《农政全书》、《泰西水法》等都是当时的科技新书，他把这些列入教材，表明他的“适用”之学是以经世致用为指归的。
　　 在《读书次第》一文中，李颙为学者开了一份十分详细的清单，书目共34种，此外还提到作为参考的书目数十种。《二曲集》不仅列有这样详细的书单，并指明每种书的意义，而且在《关中书院会约》、《学程》等文中，根据教材内容的深浅难易及其内容结构，按照教学程序及教学心理特征，列入了很有价值的教学计划，对学习次序、知识与心理准备、教学方法等，都作了具体的说明。在教学原则方面，《会约》与《学程》提出了“奋志求新”、“默坐澄心”、“自体自认”、“问思辨明”、“切问近思”、“联会切劘”等。
　　 《二曲集》作为中国古代教育名著，应当说是有其独特的思想内容和学术价值的。在学术思想方面，它提倡明体适用、真体真用之学，提倡学以经世宰物，主张结会集社，提倡以经世致用为读书目的，批评当时学者空谈心性的空疏学风，既有其理学家的保守性，又有其重实际的一面。在价值取向上倾向陆王心学，主张学术兼容并包，在“明体适用”的原则下改造教育内容。这些都应当给予充分的肯定。但是，《二曲集》所主张的默坐澄心、悔过自新、明心识体等道德理论和道德修养方法，具有唯心论的神秘色彩和封建禁欲主义本质，这些是与明末清初的反理学启蒙思潮不相容的，表现出它的落后性和局限性。
　　
　　 五、实以足下，发明于易。
　　 李颙常常提到“归藏于坤”。坤地以内柔为象。因此，纯坤居首之《归藏》呈之于人者，乃归万象于内里，开辟晦塞而后心明。故李颙感之曰：“‘归藏于坤’，乃圣学第一义。噫，斯其为天根乎!”（李颙《二曲集》这当然是他“求易于己”的结论。但更是他倡导一切当“实以足下”、从“肯綮处”着力的易学前提。在他看来，人之实者，实在内里本心；“肯綮处”者，乃“提醒天下之人心”。所以，其“实以足下”要实在本心实在洗心无疑，其着力开刀处则要落实在人心疾患处无疑。非此，不足以谓之为大易；非此，则无异于空话而已：问《易》。先生曰：“不知。”又问。先生曰：“不知。”其人固问不已。先生曰：“子之问《易》者何为？”曰：“《易》乃经中之要也。”先生曰：“子欲知经中之要也何为？”曰：“诸名公咸尚《易》也。”先生曰：“然则子之治《易》也，为诸名公而治《易》，非为己而治《易》也。不为己而治《易》，则其平日之所以朝研而夕讨者，乃欲解众人之所不能解，发众人之所不能发，夸精斗奥，作一场说话而已。此其为力甚苦，而其用心亦太劳已！”（李颙《二曲集》第41页）
　　 因此，李颙“为己而治易”，主张治易“实以足下”、“一味切己反”。恐惟如此，他才不为史家易家之所为，不潜心解易以易说易，而求易于己，用易于己；恐惟如此，其习易功夫才于思想上颇有获益。李颙所论涉及甚广。诸如“人性善恶”、“悔过自新”、“明体实用”、“匡时要务”等，几乎处处迸发着思想的火花。其中由易上发微者，屡见不鲜。而最为典型者，莫过“学髓”之图。
　　 除此而外，李颙学问渊博，造诣颇深，在宋明理学、史籍考证、文字训诂方面的研究都有建树。他在清初进步学者“经世致用”思想的影响下，积极参与反思理学，不仅写出《匡时要务》，著有《帝学宏纲》、《时务急策》等书，其著作，在康、雍年间即有刻本，光绪时补入《四书反身录》、《垩室杂感》、《十三经纠谬》、《二十一史纠谬》等，印成《二曲集》46卷和《李二曲先生文集》现存陕西省图书馆，还对张载、吕经野、冯少墟等关学先辈“注重实践”、“学贵于用”的治学精神尤为赞颂。他以倡明关学为己任，对张载关学提出的“四为”远大理想：“为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平。”给予极高评价：“志不如此，便不成人；学不如此，便不成学；做人不如此，便不成人。”
　　 他还专心研究濂、洛、关、闽之学，并与郿县李柏多次探讨朱学和王学。他三十岁已是“学行兼备，闻名四海之内”的学者，四十岁以后，把全部精力放在讲学活动中，先后在同州、华县、常州明伦堂等地讲学，听者环拥拱听，问道者络绎不绝。他企图用教育的方法解决当时的社会矛盾，“关中人子翕然师之”，前来向他求学问教的不仅有学者士人，也有不少农、工、商、贾向他求教。他的得意门生遍及关中各地，著名的有户县王心敬、同州白焕彩、富平惠思诚等，李颙讲学的稿子和学术问答被其弟子辑成《二曲集》广为传播，使传统的关学又得以复盛。晚年寓居富平钻研学问，坚持讲学至逝世。
　　 而他的博学多才，其实皆源于勤奋自学。他自幼虽然家贫，但是却能借书苦学，这与其家遭变故后的自强不息不无关系。据李颙第十一代后裔李刚撰写的《李颙遗事》一文记述：“二曲自幼好学，……开始在舅父家所在的辛庄堡塾馆求学不久，就因家境贫寒，交不起学费而辍学。性格刚烈的母亲在寒舍含泪问颙：‘无师遂不可学？古人皆汝师也。’激励他要树立远大志向，克服困难。只要有恒心，铁杵也能磨成针。自此，二曲以超人的意志，到六十里外的尚村镇大水屯村赵崡家借书，一边读一边记。把不懂的地方记在本子上，逢人就问。见穿蓝色长袍的读书人便跪于路旁。恳求先生施教。他这种手不释卷、‘路旁问学正句’的学习态度，一时在当地誉为美谈。二曲就是凭借这种锲而不舍的学习精神，苦读十八年，自学《三字经》、《大学》、《中庸》、《论语》、《孟子》、《易经》和《朱子大全》，由浅入深，积少成多，又攻读了濂、洛、关、闽等书，边学习，边求证。并尝试编书，名曰《观感录》。从各类书籍中汲取知识和做人的学问。他的知识渊博，学问造诣之高，连正式入学从师的人也自愧弗如。”
　　 陕西师范大学哲学博士，宝鸡文理学院讲师张波所著《大家精要·李颙》一书对李颙自幼艰苦求学之境遇也有如下记述：
　　 其父亲李可从，于崇祯十五年(1642)，战亡于河南襄城。留下李颙和母亲彭氏，无片瓦寸土，度日艰难。彭氏决意教李颙从学，但无力供学，屡被塾师拒绝。李颙9岁入塾，只读过20天书，但李颙发愤自学，仅靠母亲纺织缝纫和李颙打柴换粮，杂以糠菜，维持生活。因之，面色如菜，人称李菜。李颙在挖菜拾柴的空闲，也手不释卷。县内藏书之家，渐知他家贫力学，便任其翻问。他随阅随还，数载之间，披览群书，写出了《二十一史纠谬》等笔记体习作，大约30岁时，认为这不是切己之学，非儒家正脉。便把这些著作烧掉了。从此，潜心于宋明理学。
　　 青年时代的李颙，读书涉猎广泛，凡经史子集、百家释道，无不阅览，熟读深思。按当时习俗，读书就是为了应举，而应举唯有读四书，习八股即可。李颙却博览群书，不为世俗舆论所动，既无家学，又无师承，全靠自学磨练，终于三十而立，卓然成为清初著名学者，自成一家，闻名关中。连当时全国著名大学者顾炎武也佩服地说：“坚苦力学，无师自成，吾不如李中孚！”李颙与其他报有亡国的明末遗民一样，站在维护封建统治阶级立场上，仇视推翻明王朝的李自成等农民起义军，统统斥之为“贼寇”。
　　 康熙九年(1670)，常州知府骆钟麟，趁李颙在母亲三年丧服期满后，去河南襄城，为父亲“招魂”之际，却派人迎请他讲学。常州的士绅名儒争相听讲。后来骆钟麟把李颙讲学的内容汇集起来，名为《匡时要务》。李颙又在武进、无锡、江阴、靖江和宜兴等地讲学，所讲内容被记录下来，整理为《两庠汇语》、《锡山语要》、《靖江语要》。康熙十一年(1672)，李颙返回陕西。次年主讲于关中书院，又在雁塔、富平等地讲学，力主讲学自由，认为“立人达人，全在讲学；移风易俗，全在讲学；拨乱反正，全在讲学；旋乾转坤，全在讲学。”与清廷钳制思想的政策相对立。
　　 李颙的学问，兼采朱熹、陆九渊两派，认为“朱之教人，循循有序，中正平实，极便初学”；“陆之教人，一洗支离锢蔽之陋，在儒者最为儆切”。李颙主张各取所长，重视实学，反对空谈。
　　 由此，李颙所交皆一时名士。
　　 据中华孔子学会副会长陈俊民校注的《二曲集-理学丛书》一书记述：
　　 李颙结交蔡启胤、蔡启贤兄弟。蔡氏兄弟为甘肃秦安人。蔡启胤，字绍元，学者称之为“溪岩先生”。据李颙所撰《秦安蔡氏家传》知，蔡启胤“学古高行”，在年轻时就“有声士林”，随之从学从游者很多。蔡启胤平生刻苦研读“五经”和各种典籍，尤其是“读史至忠孝节烈”时，常常“拊膺流连，欷歔不自胜”。其本人也是侍奉父母至孝，承颜聚顺，除讲学和接纳宾客外一概不离其左右。如果父母生病，则延请医生，并祈祷上天以求自代。