第一次世界大战爆发后日瓦戈应征入伍，在前线野战医院工作。十月革命胜利后日瓦戈从前线回到莫斯科。他欢呼苏维埃政权的诞生：“多么高超的外科手术！一下子就娴熟地割掉腐臭的旧溃疡！直截了当地对一个世纪以来的不义下了裁决书……这是从未有过的壮举，这是历史上的奇迹！”但革命后的莫斯科供应极端困难，日瓦戈一家濒临饿死的边缘，他本人又染上了伤寒症。这时他同父异母的弟弟叶夫格拉夫·日瓦戈劝他们全家搬到乌拉尔去，在那儿至少不至于饿死。
　　 1918年4月日瓦戈一家动身到东尼娅外祖父的领地瓦雷金诺村去。这里虽然能维持生活，但日瓦戈感到心情沉闷。他既不能行医，也无法写作。他经常到附近的尤里亚金市图书馆去看书。他在图书馆里遇见女友拉拉。拉拉是随同丈夫巴沙·安季波夫到尤里亚金市来的。
　　 巴沙·安季波夫参加了红军，改名为斯特列利尼科夫，成了红军高级指挥员。他躲避拉拉，不同她见面。日瓦戈告诉拉拉，斯特列利尼科夫是旧军官出身，不会得到布尔什维克的信任。他们一旦不需要党外军事专家的时侯，就会把他踩死。不久日瓦戈被游击队劫去当医生。他在游击队里呆了一年多之后逃回尤里亚金市。他岳父和妻子东尼娅已返回莫斯科，从那儿又流亡到国外。随着红军的胜利，党外军事专家已成为镇压对象。首当其冲的便是拉拉的丈夫斯特列利尼科夫，他已逃跑。拉拉和日瓦戈随时有被捕的危险。他们躲到空无一人的瓦雷金诺去。坑害过他们两人的科马罗夫斯基律师来到瓦雷金诺，骗走了拉拉。斯特列利尼科夫也到这儿来寻找妻子，但拉拉已被骗走。斯特列利尼科夫悲痛欲绝，开枪自杀。瓦雷金诺只剩下日瓦戈一人。他为了活命，徒步走回莫斯科。他在莫斯科又遇见弟弟叶夫格拉夫。弟弟把日瓦戈安置在一家医院里当医生。日瓦戈上班的第一天心脏病发作，猝然死在人行道上。
　　 《日瓦戈医生》中有帕斯捷尔纳克本人的影子，一个医生兼诗人尤利.日瓦戈：他的青年时代和早期婚姻，遭红军游击队绑架，和对“拉娜”（拉丽莎.费奥多罗芙娜）持久的爱情。这部小说，被视为是神秘主义和情色庸俗的传承混合，成为审查界的一次大事件：它不拥护政治而仅仅专注于个人，那样的立场引起了苏联当局的猜疑。1956年的查禁使此书成了一个传说，但是在1965年，演员奥玛.雪瑞夫（OmarSharif饰日瓦戈）和朱莉.克里斯蒂（JulieChristie饰拉娜）以他们在表演时那犹豫不定的语调，给本书作者做了一显著的贡献：他们演了一部普通的但却十分受欢迎的影片。在这部小说发行的二十年间，六大洲的五百万读者购买了它。
　　 这部小说的畅销，是因它的阴郁魅力、同样也是因苏联之外围绕它问世而出现的各种情形。1958年，一部限量版的《日瓦戈医生》被呈交给瑞典文学院，接着就要授予帕斯捷尔纳克诺贝尔文学奖，起初他接受了，但四天之后赫鲁晓夫令他婉拒了这一奖项：“考虑到我所处的那个社会，这一奖项的颁发意味着什么，我必须拒绝接受。请不要为我自愿地拒受而生气。”这一不幸事件意味着只能在俄国地下出版物市场存在的一部小说却在全世界范围内受到了欢迎；对于“物以稀为贵”这一被马克思可笑地摒弃的经济原理来说，它成了一个既肯定又否定的矛盾，似乎成了一个没有理论根据的宗教迷信。