“这次我奉命西征平叛的粮饷筹集很艰难，大军在这些荒芜人烟的地方打仗，粮食就是士兵的生命，我认为只有廉洁勤勉的你才能办好。”这是1876年，晚清重臣左宗棠率军收复新疆时，调易孔昭来军营时所说的一段话。
　　 此时，易孔昭正在家里，为去世的父亲丁忧守服。当他接到左宗棠的调令后，穿着丁忧的黑衣服，迅速赶到左宗棠的军营，接手大军的后勤保障供应工作。他运筹帷幄，兢兢业业，迅速筹集并及时转运粮草，让作战士兵吃得饱，战马也喂得肥，军队的士气自然就非常高昂。于是，天山南北数千里的叛乱，都被左宗棠率领的湘军一一荡平，新疆重新回到了大清的疆域内。新疆叛乱被彻底平定后，左宗棠上奏朝廷要易孔昭负责办理阿克苏地区的善后事宜。阿克苏地区经过易孔昭几个月的善后治理，社会治安稳定，经济开始恢复，民族关系开始融洽，阿克苏地区的维吾尔百姓非常高兴，都尊称他是阿斯满安班，汉语就是青天大人。
　　 剿灭了新疆叛乱分裂分子之后，许多难民流落在阿克苏，他们在路上横七竖八地相枕而卧，许多难民饿得气息奄奄，都要死了。易孔昭见此情景，非常着急，他认为难民问题处理不好，会影响阿克苏地方的稳定，不利于朝廷在这里长治久安。于是他不等上奏的赈济难民公文批下来，就先借用军粮赈济难民。许多同僚都劝他，要他不要管那些难民。没有朝廷的批文，用军粮赈灾，亏空军粮你补得起吗？易孔昭说顾不得那么多了，救难民的命要紧，不然会出大事的。后来，朝廷负责赈济的人果然规定：赈济的账务以批文到达之日算起，以前的不算，朝廷也不补。这样以来，易孔昭累计军粮的亏空就非常大。所有的官员都说：“因为救饥饿的难民，而连累了易孔昭一个人，我们这些同僚又有什么脸面呢？”于是都愿意出钱，同易孔昭一起补这个亏空。
　　 在新疆平叛战事以及善后事宜结束之后，易孔昭准备回关内。可是易孔昭因为补军粮的亏空，他的布袋空空的，没有一点积蓄，连回关内的路费都没有了。上司刘锦棠看易孔昭虽然负责后勤工作，经过他手的钱粮无数，自己却连回去的路费都没有，于是就送给他三千两银子，做为他回关内的盘缠。易孔昭启程回来的时候，阿克苏的维吾尔老百姓都拦着他，挽留他，送他的男女老少都站满了道路。豫军统领张曜也在城门外送他，赞叹说：“易孔昭怎么这么得民心啊！”
　　 阿克苏地区的老百姓为易孔昭建了一座纪念亭子，把他清廉、勤政为民的事迹都记刻在石碑上，如除暴安民，废除杂役苛负，清理户籍，让背井离乡的百姓安定下来，疏通水沟渠道，督促发展农副产业等等，都一一刻写在亭子的石碑上。
　　 1880年，易孔昭被朝廷安排到甘肃省任职，负责治理安肃道（今甘肃张掖市），兼办理通商有关事宜。易孔昭到任以后，没有休息，就开始谋划提高这个地方的道德风气，鼓励农耕，招揽商户来经商，勘测修建工厂，斟酌商议规章制度，修建官办学堂，使得社会风气一天比一天好。
　　 敦煌有一宗奸杀案件，由于前面衙门有人收了贿赂，几年来都没有判决下来。听说易公孔昭来了，案犯的家属以为还像以前一样：只要给衙门的官老爷送重金，命就会保住。于是先送一千两银子给他的门吏，希望能通融说一下，让他们拜见一下易孔昭，这个门吏平常一直都遵守易孔昭的教诲，拒收了贿赂。最后易孔昭提审了这个犯人，审理之后，发现事实非常清楚，证据确凿，就依照国法判决了该犯人死刑。当时，这个地方天晴很久，但结案处决该犯人的时候，天空忽然下了大雪，围观的民众欢呼说：“这才是真真地昭雪了”
　　 1882年，由于在新疆平叛戌边中，功勋卓著，朝廷加封他二品顶戴，随后调升他为正三品按察使。1895年1月，易孔昭由于过度劳累引起身体生病，他就向朝廷请求回老家养病。他刚抵达家乡黔阳的新路河就去世了。易孔昭去世之后，清朝例授他为资政大夫，赐奖武银牌，赠内阁学士衔。