日军侵占舟山后，方同源历经艰险，在朋友们的帮助下逃出定海，到宁波时，他就跟鲍威尔联系。后因日寇的阴计，他被宁波的警备司令部抓去。鲍威尔得知此消息，就通过他的关系请宁波的友人把方同源保释出来。方同源辗转来到上海。1940年初，方同源收到了经多年申请去美国夕汶尼亚大学深造的入学通知。鲍威尔获知后，就与浸礼会郝培德设法，资助方同源赴美国深造。1940年9月，方同源搭乘美国总统号邮轮至美国宾夕法尼亚大学，专攻教育心理学。宾夕法尼亚大学，位于宾夕法尼亚州的费城，是美国一所著名的私立研究型大学，创建于1740年，是美国第四古老的高等教育机构，以及美国第一所现代意义上的大学。本杰明·富兰克林是学校的创建人。方同源经过数年攻读，获教育硕士、博士学位。
　　 方同源离沪赴美前，鲍威尔托他随带一大批有关日军侵华暴行包括南京大屠杀的照片和说明资料，要求送到美国有关报纸、刊物发表（因当时上海邮局已被日本军方派驻人员严守，无法邮寄）。方同源完成了这个任务。这些揭露日军侵略暴行的照片和资料在美国报纸、刊物发表后，立即引起了美国公众的震惊，并为扭转当时美国朝野对日本的“绥靖政策”和“中立主义”发挥了很大的作用。
　　 日寇对鲍威尔很是痛恨。1941年12月8日太平洋战争爆发后，当天上午日军就把鲍威尔抓起来，将他拘禁在上海日本宪兵司令部，胁迫他交代关于日军企图侵占舟山群岛情报来源。日军认为鲍威尔泄露了日本军事机密，同时也怀疑日军内部泄密，想追查谁跟鲍威尔有联系。因而对鲍威尔不断进行严刑迫害。鲍威尔被日寇摧残了近两年。1943年，日、美两国交换外交官和新闻记者时，鲍威尔才搭乘国际红十字会安排的“康脱浮梯”号邮轮，绕道经过日本、德国潜艇、水雷出没的印度洋、大西洋、辗转回到美国。
　　 自从太平洋战争爆发，方同源就同鲍威尔失去了联系，再也没有得到鲍威尔的消息。直到1943年，已在美国住了三年的方同源，那一天在美国报上看到了交换人员名单上鲍威尔的名字，并获知将回到美国的消息后，悲喜交集。等鲍威尔一到美国，立即前往重聚相见，悲欢离合，曲折坎坷，两人紧紧地拥抱，泪横满面。两人在美国继续了这种情缘。1945年，方同源回国后，他们依然保持着联系，直到新中国成立，由于当时政治原因，就无法联系了。
　　
　　 后记
　　 1945年抗战胜利，方同源从美国回来。因鲍威尔等推荐，他被联合国善后救济总署中国分署聘用；并在中华全国基督教协进会下属的救济会任中等学校组织执行干事，协助华东教区七所教会中学复校。舟山中学复校时，刘鸿生想请他继续担任舟中校长，但因为已在教会任用，故建议刘鸿生，可以委派他的夫人周纫秋来定海办理复校工作。他也积极参与了初期的复校一些上层工作，如定海章华毛毯厂的设立，舟山中学复校典礼等等。