孔子最根本的主张就是“仁”，仁由“克己复礼为仁”（《论语•颜渊》）而来，仁之前的“礼”基于“神道”，神道比如天地祭祀、祖先崇拜等表现为“礼”的形式，这事实上只是当时人们自己确立的某种约定性模式而已。这更根本的神道又是什么？其依据不过人类祖先崇拜和原始迷信，“子不语怪力乱神”（《论语•述而》），等于连迷信的追问都放弃了，如此而来的孔子学说理据严重缺乏。孔子学说的根基是“君臣父子”（参《论语•颜渊》），由人到社会属循环论证，况父子是血缘关系，君臣是政治关系，二者等同起来依据何在？就哲学体系意义而言，其与《老子》无疑不可同日而语。
　　 宗教信仰一般首先需要一个神学本体，比如佛教的“佛”、基督教的“上帝”、伊斯兰教的“安拉”等，儒教却是反向过程，它是首先设立某种信念（仁），发展过程中再为这个信念寻找理性依据。在理性不够发达的时代，这种方式很容易导致宗教，儒家思想在董仲舒提出“天人感应”后，正是这样发展成儒教，神道的“天”或“天帝”以“神道设教”之根终成其神学本体。
　　 儒学、儒家和儒教本属不同概念，但它们本质上许多混同，因此儒家思想有宗教之实未彰宗教之名，一直还以学术形式存在，这使它具有更大隐蔽性和欺骗性，更为严重地阻碍了中国学术思想的发展。
　　 不过既然披着学术外衣，它在发展过程中也必要融入理性，儒家思想基于孔子，孟子时已包藏祸“心”，发展的可能性一直存在。北宋时张载、周敦颐、程颢等继续谈“心”，南宋陆九渊对立于程朱理学更开始了哲学体系意义上“心”的探索，明代王阳明时，终于建立起明确的“心学”体系。“心学”在思想本质上仍属于儒学一派，它把封建道德首先说成“天理”，然后用“致良知”的方法给予证明，思想本身乏善可陈，但它以心为认识主体和哲学本体，一切惟心的结果便是强调了个体认知，强化了人的主观能动性，客观地开始打破传统和教条……这就为新思想的诞生提供了方法和可能。
　　 心学仍属于儒家思想的一个流派，但它更已成为一个缜密的哲学体系，这就为李卓吾提供了一整套思维方法，成为李卓吾思想最重要的历史渊源。不过对李卓吾思想而言，心学也主要是提供了某种方法，说起其思想内容的历史渊源，则应该首推杨朱学说。在研究李卓吾的史料中，没有李卓吾对杨朱思想继承的直接证据，他也可能真的没有深入研究，李卓吾在其《自赞》中甚至戏谑“杨朱贼仁”，但心学一旦摆脱道德“良知”束缚，趋同杨朱的状况会自然而然。
　　 李卓吾思想的状况非常复杂，在传统儒学和心学之外，李卓吾还接触过佛、道等其它许多种思想，且有着相当造诣。这些思想或为其提供方法，或为其提供内容：比如他对庄子思想的研究也很深入，其“求真”受庄子“贵真”直接影响，其论学中的逻辑雄辩力更得力于庄子的明辨哲学……李卓吾思想建立在中国传统文化基础之上，在他之前的学术思想，或多或少或直接或间接地都对他产生过影响，详论其思想渊源会非常复杂，我们这里只就李卓吾属心学泰州学派左派，以及他被称为中国近代思想先驱这两个主要方面，认定其思想历史渊源的两个重要方面：心学和杨朱学说。
　　 二、李卓吾思想产生发展
　　 秦汉以后中国古代思想的发展，受专制体制和改朝换代的影响缓慢而曲折，但社会发展并没有因此停滞，汉唐盛世，五代而宋，中国在当时世界仍处于领先地位，两宋时中原政权受北方民族政权军事胁迫，不得不进一步向海外寻觅生机，致中国古代几度出现近代资本主义萌芽，与之相应的就是思想领域里的进步。南宋陆九渊开端心学，正是在这样的社会背景之下。南宋灭亡，元朝建立，元朝“附会汉法”（李治安《蒙元帝国史》），尊孔而已，中国思想发展没有因“外族”（相对于汉民族，其后融入中华民族）政权入主中原而灭亡，却出现了倒退停滞，文化先进民族被文化落后民族武力战胜，这种状况难以避免。
　　 明朝建立汉文明接续发展，这一接续先就后退了一截，恰如把两个断头栓接起来，结头本身就会造成浪费。这种栓接不可能实现点焊，要知道前朝末尾一段必是败亡，新王朝统治者迷信忌讳，必要在前地寻一个盛世或中兴点来接续学术断点。是故每次改朝换代，事实上都会造成学术思想的某种倒退，这种倒退或多或少。元朝属“外族”，明朝接续元朝，却自宋朝接续思想，它选择的是两宋程朱理学，这在时间上也是倒退，在汉文明自身而言，这种倒退还不是特别严重，但中国思想领域里的先进状况，至此已基本耗尽优势，在世界范围内开始失去领先。
　　 明朝之初，或因为宋朝被“外族”灭亡的伤痛，或因为日本战乱，中国东南海疆不宁，朱元璋更开始推行闭关锁国政策，这种状况导致思想发展进一步受到阻碍，而欧洲此时正开始轰轰烈烈的文艺复兴运动，这一退一进，思想领域里的先进状况开始悄然逆转。好在明初闭关锁国的政策推行不久，嘉靖年间就开始松动，东南沿海私人贸易复苏，中国近代资本主义萌芽也在民间又一次出现。
　　 明朝进入中期，政治基础还相对稳定，在这样的政治经济背景下，中国思想领域也迎来继续发展的机会，王阳明“心学”正是诞生于此时。
　　 心学相对于程朱理学，程朱理学比陆王心学提前一步。
　　 程朱理学也是一个完善的思想体系，它也把儒家道德说成“天理”，由这个天理演化出一套学说，希望以此确立儒家社会秩序。陆九渊开端心学时，程朱理学已进入完成阶段，中国思想史上著名的学术大讨论“鹅湖之会”就发生在陆九渊和朱熹之间，尽管陆九渊当时预言“简易功夫终久大”（陆九渊《鹅湖和教授兄韵》），心学也还是直到王阳明时才形成完善的体系，但也验证了陆九渊的预言。
　　 心学一旦完善就获得了迅猛发展，大有后来居上，取代程朱理学的发展势头。尽管有明一朝程朱理学都没有失去官方地位，但事实上它已是苟延残喘负隅顽抗。王阳明之后心学在社会上广泛流传，程朱理学的地位事实上已被心学取代。
　　 假以时日正常发展，陆王心学是否也可能获得官方认可？这个假设却非常复杂。
　　 陆王心学和程朱理学同属儒家思想发展而来的形式。二者不同之处，只在于认识方式不同，程朱理学在哲学性质上属于客观唯心主义，陆王心学则属于主观唯心主义，程朱理学是直接把专制道德真理化，然后让人去理解和接受；陆王心学虽同样认定人天生具有专制道德观念，但要通过“致良知”自己用心去证明它。二者根本差异在于“心”的地位，主动和被动效果差别天壤，一旦放任用自己的心思考，必然会危及专制皇权，是以很难被专制统治者接受。不过正常社会发展有其必然规律，文明发展到一定程度，专制统治可能被推翻，也可能被迫主动接受变革，比如近代君主立宪就属于后者……心学发展之初，这种状态尚没有充分显露，它与程朱理学的矛盾，也还是儒学内部分歧。
　　 明末清初黄宗羲评议南宋陆九渊和朱熹鹅湖论战：“二先生同植纲常，同扶名教，同宗孔孟，即使意见终于不合，亦不过仁者见仁，智者见智，所谓学焉而得其性之所近，原无有背于圣人。”（《宋元学案•象山学案》）这个评断很是中肯。但尽管如此，也不能轻视陆王心学和程朱理学的差异，心学把心作为认识主体，总是强调了人的主观能动性，这就为突破传统埋下了可能，心学发展到泰州学派时，离经叛道端倪已现。陆王心学和程朱理学同时摆在那里，让统治者自由选择，其当然趋向选择“保险”的程朱理学，这也正是明朝中晚期当时的政治状况。
　　 王阳明身后，心学在社会上广泛流传，很快发展出“王学七派”，其中以王艮为代表的泰州学派，因代表底层平民意志而开始出现左的倾向，被称为“王学左派”。底层平民一旦用“心”来思考，会得出怎样结论呢？“百姓日用即道”（《王心斋先生遗集》）是一个必然结论。
　　 王艮，生于明宪宗成化十九年（1483），殁于明世宗嘉靖二十年（1541），王学泰州学派创始人，籍泰州安丰场（今属江苏东台）。王艮盐丁出身，后师从王阳明改号心斋，创立心学泰州学派，宣扬“百姓日用即道”。
　　 王艮在用“心”上主张“天性之体，本是活泼；鸢飞鱼跃，便是此体”“良知之体，与鸢鱼同一活泼泼地。……自然天则，不着人力安排”“凡涉人为，便是作伪”（《王心斋先生遗集》）等，如此用心自得出“庶人非下，侯王非高”等结论，已逐渐偏离封建礼教，被正统以为“左”也就自然而然了。
　　 李卓吾出生时，心学的发展状况大体如此，但当时的李卓吾并没有接触到心学。一者个人成长需要过程；二者当时的官方哲学还是程朱理学；三者李卓吾出生地泉州，又恰是程朱理学仍在坚守的堡垒；四者心学这种深奥的哲学，没有深厚的学识和一定经历，很难被人真正理解和接受。四十岁之前的李卓吾一直没有接触到心学，他读书、科考、做官，接触到的都是程朱理学和传统儒学，这些学说与李卓吾当时生存感触格格不入，事实上他此时还更多的是为生存疲于奔命，也根本没有时间和精力去求索学问。
　　 李卓吾出生于福建泉州，其先祖曾是显赫一时的海商富贾，但自从明初推行海禁，这个家族便迅速衰落，只是家族传统的影响依然存在。李卓吾出生于嘉靖六年（1527），其时素有商业贸易传统的泉州，已出现近代资本主义萌芽，李卓吾胞叔李章田就是生意人，李卓吾幼时一家人没少得其资助，这些都构成李卓吾思想的某些基础。
　　 李卓吾的父亲李白斋却是个秀才，这使李卓吾近水楼台，童年时就接受到比较系统的基础教育，但也使他家的经济状况非常窘迫。李卓吾幼年丧母父亲续娶，其下面又出生了众多弟妹，家庭经济每况愈下。李卓吾是家中长子，从小便要分担家务，穷苦的感受深深烙印在心中……穷人的孩子早当家，李卓吾16岁考中秀才，21岁结婚，25岁中举，却始终没能摆脱生存困境。
　　 穷困潦倒更加灾厄连连，李卓吾进入官场之前，其长子即因病饿夭折，他以举人身份进入官场，职小禄微又仕途坎坷，其间父亲、祖父病逝，李卓吾两次被迫辞职回乡守制，次子和两个小女儿又先后因贫病夭折，直到他身边只剩下妻子、长女……经历了这些常人无法承受的磨难，李卓吾的心智渐趋成熟。《孟子•告子下》中说：“故天将降大任于斯人也，必先苦其心志，劳其筋骨，饿其体肤，空乏其身……”，这个说法天命迷信，但如果把原因和结果反过来，这个论断就成了至理名言，李卓吾四十岁之前就是在经受磨砺。
　　 不经过一些人生磨难，一个人很难真正有什么成就，经历的磨难越大，可能成就的事业也越大，当然前提是这个人要有一定的自身学识和才能，磨难也要终于能挺过来，否则就只是命运多舛了。多少人苦没少受，事儿却没成，更多问题是出在自身，李卓吾不幸中又有幸地满足了成功条件，一位思想家的基础也就筑成了。
　　 成功在必然性的基础上还需要偶然，这个偶然就是李卓吾又接触到了心学。人生有无数的偶然，偶然并不都是机会，偶然之后还需要偶合，只有在可能性基础上实现偶合，偶然才能变成发展机会。
　　 在接触心学之前，李卓吾先已接触“程朱理学”，这种接触就仅仅是个偶然。明洪武三年（1370），明太祖朱元璋诏定科举法，钦定朱熹《传》注为《四书》《五经》标准答案，程朱理学因此成为士子科考必读之书。李卓吾走的也是科考之路，他16岁入府学时，读的就是朱熹《传》注，但他对其了无兴趣，自述“读《传》注，不省，不能契朱夫子之心”（《焚书•卓吾论略》）。
　　 想想李卓吾当时的状况：食不果腹饥肠辘辘，读的却是朱夫子“存天理，灭人欲”的道德说教，怎么可能不“复愦愦”甚至心生厌恶呢？两个事物没有耦合的可能性基础，即使遇到也有缘无分，程朱理学之于李卓吾就是这样，但而今一遇“心学”泰州学派，李卓吾的感觉就迥然不同了。
　　 嘉靖四十五年（1566）穷厄已极的李卓吾第二次来到北京，就任从九品礼部司务，十数年官场挣扎，官却越做越小，俸禄也越来越少，但其时他“幸了三世业缘”（焚书•卷三•卓吾论略），没有了家族事物牵挂，身边又只剩下了妻子、长女，贫困状况竟因此缓解。刚刚缓了口气的李卓吾就将目光投向了学术，北京是当时皇都，学术氛围当然浓厚，其时心学已在社会上广泛流传，李卓吾甫一接触便被深深吸引，尤其是其中的泰州学派。从李卓吾的人生经历中不难理解，泰州学派之“左”，恰好偶合李卓吾的内心感触。“百姓日用即道”，这话说得多好！怎么能让人摆脱贫困才是真学问，这个观点极切李卓吾的生存实际，较之虚伪的理学，心学当然地会引起饱受生存磨难的李卓吾共鸣。
　　 一点偶合便开始深入其中，北京礼部司务任上数年，李卓吾潜心心学泰州学派，刻苦理解深入钻研，从此与之结下不解之缘，并成为其中一员，在学问上取得巨大进步，在学术界也开始小有名望。心学究竟给了李卓吾什么，以至其一旦接触便如此痴迷，且一生都坚定地相信？泰州学派或者直接给了他一些思想，但心学说到根本更是一种方法，也就是凡事都要经过心去判断，不管谁说了什么，不盲信更不盲从。用真心做出判断，言行惟任己心，有了方法再依据这个准则，李卓吾开始走上了思想家之路。