公孙鞅主张对轻罪量以重刑。认为这样可以起到威慑的作用，迫使民众连轻罪也不敢犯，更何况重罪。比如公孙鞅为了保护私有的耕牛和马，对盗窃牛马的人判处死刑；为了统一度量衡，规定“步过六尺者有罚”。公孙鞅对轻罪量以重刑，目的在于贯彻他所制定的法令，把民众对新法的反抗彻底镇压下去。《战国策·秦策一》称赞公孙鞅变法的成效说：道不拾遗，民不妄取，兵革大强。《史记·商君列传》称赞其成效是：“道不拾遗，山无盗贼；家给人足，乡邑大治。”
　　 2.崇本抑末，鼓励农业生产，抑制商业。新法规定，凡一家有两个以上的成年男子就必须分家，各立户头，否则要加倍出赋税，这样就提高了国家的税收。同时，公孙鞅还鼓励生产，粮食和布帛生产多的，可以免除劳役；因为游手好闲而贫穷的，把全家罚作“官奴婢”。公孙鞅如此奖励一家一户男耕女织的生产方式，有利于封建生产力、封建生产关系的发展。从此，这种以一家一户为单位的小农经济，逐渐成为了封建政治的经济基础。
　　 公孙鞅抑制末利，也就是商业。在《商君书·垦令》一连列举20条鼓励垦荒的措施，其中有不少抑商的政策。例如规定商人必须向官府登记各种奴隶(厮、舆、徒、童)的名字和数目，以便官府摊派徭役；还规定提高市上酒肉税额，要让税额比成本高十倍；更规定加重关卡和市场上的商品税，不准私自贩卖粮食，牟取暴利。还主张“一山泽”，也就是说由国家统一管理山泽之利。所有这些抑制商业的政策，目的在于防止商人损害、破坏小农经济，以此来扶助小农经济的成长。
　　 3.奖励军功，按军功重新规定给予名位的标准。立军功的人，按功劳大小得到爵赏；私斗的人，按犯罪轻重受刑罚。
　　 奖励军功的具体办法是：凡在战场上斩敌一个首级的，赏给爵位一级，要做官的，可以委任五十石俸禄的官。斩得敌人两个首级的，赏给爵位两级，要做官的可以委任一百石俸禄的官。官爵的提升是跟斩敌首级的军功相称的。对那些没有战功的宗室子弟，全部废除他们的名位，按军功重新确定尊卑爵秩等级。有军功的人可以享受军功爵的待遇，同时还可以享受荣誉。
　　 由于秦国变法的初步成功和在对外战争中不断取得胜利，公元前352年，孝公将公孙鞅提升为大良造，这大概相当于中原各国的相国兼将军的官职。
　　 第二次变法
　　 公元前350年，公孙鞅又根据当时秦国的国情和第一次变法发现的问题进行了第二次变法。这次变法进一步从经济和政治上进行了改革，目的在于进一步谋求富国强兵。主要有下列五点：
　　 1.废除井田制，“开阡陌封疆”。《史记·商君列传》说公孙鞅“为田开阡陌封疆而赋税平”。“开”这里是指开拓的意思。《战国策·秦策三》载蔡泽的话说：商君“决裂阡陌,教民耕战”，“决裂”的目的就是为了废除井田制。董仲舒曾指出，公孙鞅“改帝王之制，除井田，民得买卖”。公孙鞅这次对土地制度的改革，一方面用法令形式废除了井田制，就是所谓“坏井田，开阡陌”另一方面是重新设置了新的阡陌封疆，用法令形式保护了封建士地所有制，这一点在《秦律》中可以看出来。《秦律》严禁对土地所有权的侵犯，云梦秦简《法律问答》有一条律文：“盗徙封，赎耐。”就是说把私自移动田界看作“盗”的行为，要判处耐刑(剃去鬓发)，但允许出钱赎罪。接着又对律文解释说“何知为封？封即田阡陌、顷畔封也，是非而盗徙之，赎耐。何重也？是不重。”说明田界不准“盗徙之”，这是对土地所有权的侵犯，应该判处耐刑，并认为这种刑罚“不重”。
　　 2.推行县制。在新法中规定，把原来的一些乡、邑、聚(村落)合并为县，在全国共建置了41个县，设县令、县丞等官，还设有县尉。县令是一县之长，县丞掌管民政，县尉掌管军事。公元前349年，“初为县，有秩史”就是在县官之下，开始设置有定额俸禄的小吏。县制的普遍推行，把全国政权、兵权集中到了朝廷，建立了君主专制的统一的封建政治体制，巩固了封建统治，发展了地主经济。
　　 3.迁都咸阳,修建宫殿。公孙鞅根据当时的形势，为了使秦国争取中原，图谋向东发展势力，把国都从雍迁到咸阳。当时咸阳位于秦国的中心地点，靠近渭河，附近物产丰富，交通便利。而旧都雍，旧贵族的势力较大，不利于变法的开展。同时仿效中原各国国都的规模，修建冀阙(古时宫廷门外的一种高建筑，用以悬示教令)与宫殿。
　　 4.统一度量衡，“平斗桶(斛)、权衡、丈尺”。度量衡的统一，对当时秦国统一赋税制度、俸禄制度，都有一定作用。传世有已颁布的公孙鞅方升(现藏上海博物馆)。这件珍贵的文物，应是公孙鞅为统一度量衡而作的标准量器。
　　 5.革除残留的戎狄风俗，禁止父子兄弟同室居住。当时的秦国西南和西北都是少数民族，这些少数民族地区被秦国统一了以后，依然存在许多不良的戎狄风俗。公孙鞅依照当时中原的风尚、习俗，革除残留的戎狄风俗，这对秦国的富强是有好处的。
　　 问题:阶级矛盾和利益冲突
　　 商鞅主持下的轰轰烈烈的变法运动，提出了许多利国利民的主张，受到了百姓的欢迎;同时，也不可避免地触及了一部分人的利益。这种不可调和的矛盾最终为公孙鞅的悲惨结局画上了句号。
　　 礼与法的冲突
　　 公孙鞅在变法之初就向秦孝公提出：“前世不同教，何古之法？帝王不相复，何礼之循？”保守派贵族甘龙、杜挚反对说：“法古无过，循礼无邪。”从他们的对话可以看出，礼制和法度只是时代不同的问题，但礼制和法度应该相辅为用，这是无可争辩的。礼制本来只施行于贵族阶级内部，并且它是习惯法，不成条文。春秋后期郑、晋等国首先把《刑书》铸在鼎上，予以公布，遭到叔向等旧贵族的反对。这样一来，礼制和法度不但反映了时代之争，而且反映了旧贵族和新贵族之间的争端。
　　 战国以前，东方国家都是由贵族执政，公室卑弱，从天子到诸侯，权力不断下降。礼制已经失去维系社会秩序的作用。西方国家秦、晋等国以“富国强兵”为目的，首先提出以法度来加强君主专制，使权力集中于国君一身。提拔“军功”贵族，裁抑宗室贵族。这是礼法之争的主要原因。
　　 郑、晋等国把《刑书》铸在鼎上，予以公布，这固然有一定的进步意义，但是他们的法是军事法。后来，李悝、商鞅变法，著《法经》和《秦律》也是以军事法来作为民法的，这些法是极其残酷的。法家无不主张严刑苛法，甚至认为轻罪也应用重刑，这样，人民就不敢轻易犯罪了。这就是所谓的“以刑去刑”。因此法家的法并没有给人民带来任何好处。比如商鞅令民为什伍，而互相纠察连坐，不告奸者腰斩，告奸者与斩敌首同赏，匿奸者与降敌同罚。这就是军事法为民法的突出体现。
　　 作为一名优秀的政治家，公孙鞅所施行的法令的确起到了富国强兵的作用，公孙鞅的作为也使后来的法家代表人物韩非子认识到国家以法而兴，国不可无法的道理。但是，作为法家的前期主要代表人物，公孙鞅并没有调和好法与国之间的关系，君主及其身后的大贵族阶层必然不会放弃手中的权力和利益。
　　 爵制的矛盾
　　 《史记·商君列传》说：“宗室非有军功论，不得为属籍。明尊卑、爵秩、等级，各以差次名田宅,臣妾(男女奴隶)衣服以家次。有功者显荣，无功者虽富而无所芬华。”这一政策反对、裁抑宗室贵族而提拔新兴的军功贵族，是很明显的。但可以看得出来，公孙鞅并没有从根本上反对贵族的特权、爵秩等级制度，而只是把旧贵族的特权转让给军功贵族，甚至这些特权还比旧贵族更多更优越。
　　 商鞅还根据秦的旧制而加以扩大制订了二十等级爵制。将爵秩分成二十个等级，这二十等爵虽然与古代的五等爵名称全然不同，但骨子里依然保留着五等爵的原则。他所以增加等级是为了奖励军功，使更多的人可以获得“军功”的机会和权利。据出土的秦简所见，不但平民，甚至奴隶、刑徒，只要能斩获首级，也就可以获得爵位，循序升级。虽然要获得高级的等爵是很不容易的，但是它比起血缘关系身份的世袭性，总算是给了人们一些机会。
　　 二十等爵制只是以新的等级制代替了旧的等级制，如果获得爵位的话，权益不只是田宅、臣妾，而且可以按爵级获得供驱使的“庶子”。《商君书·境内》云：“其有爵者乞无爵者以为庶子。级乞一人。其无役事也，其庶子役其大夫，月六日；其役事也，随而养之。”这就是说，除赐予奴隶以外，还可以获得服役的农奴。此外，爵至五大夫以上，还可以有“赐税”“赐邑”的优待。当然，要达到爵至五大夫以上，如果原是平民，是很不容易的。凡是有爵者，在犯罪时可以享有各种特权。重罪可以减轻，轻罪可以免除;犯同样的罪，爵级高的可以比低的受到较多的优惠。这样，公孙鞅变法不但没有废除等级制，而且更发展了等级制，造成更多的特权阶层。
　　 土地国有私有的矛盾
　　 《史记·商君列传》说：“商鞅废井田、开阡陌、封疆而赋税平。”但是，废井田以后的田制又是什么样的呢？根据出土的云梦秦简来看，公孙鞅实行的田制是国有制，即国家按农民户口授予土地的授田制。秦简《田律》云：“入顷芻、藁，以其受(授)田之数，无垦不垦，顷入芻三石。芻自黄及束以上，皆受之。入芻、藁相输度可也。”因为自井田制破坏以后，大部分农民已失掉土地，有的农民成为个体农民或佃雇农。秦有大量的土地尚未开发，地广人稀，公孙鞅为了“富国强兵”的目的，使农民既耕且战，不得不将农民按什伍编制起来，授予土地。新的田制只是扩大了每亩的单位面积，却仍然是井田的形式。同时，土地既是全部为国有的，已无需有公田和私田的区别；农民所有的土地由“私田”而变成份地了。春秋以后，东方国家的井田也逐渐被“暴君污吏，慢其经界”，农民实际成了贵族的农奴(助耕公田等于徭役地租)。公孙鞅变法，由国家授予土地，农民则成为国家的“编户齐民”，负担赋税、徭役。在变法之初，是可能做到“开阡陌封疆而赋税平”的。《商君列传》谓公孙鞅“废井田”，而《汉书·地理志》作公孙鞅“制辕田”。按“辕田”即“爰田”，是春秋初期晋国已经实行了的。秦因生产力比晋国落后，地广人稀，所以直到战国初才实行。《汉书》颜师古注引曹魏时张晏、孟康等人的解释，是由“三年一爰土易居”的办法而变为“自爰其处”，也就是说国家以三年为期重新把土地进行调整、分配的办法，而变为农民在自己的土地上轮流换耕的办法。这是必须以生产力、生产技术的发展为前提的。虽然按照《汉书·食货志》上记载:“二十授田，六十还田”，但在事实上，农民可以长期占有土地。
　　 以上是公孙鞅变法的授田制的实质。公孙鞅变法本来只是为了“富国强兵”，但从秦孝公时起至秦始皇，由于连年不断地对外战争,赋税、徭役的负担日益加重，加之严刑苛法，人民动辄犯法，奴隶、刑徒的数量远远超过了以前的任何一代。在这种情形下，公孙鞅的授田制是否能够真正贯彻实行，是很成问题的。根据云梦秦简的记载，在实行授田制时就已经有把国有土地租佃给农民耕种私自收租而“匿田”不报的情形发生了。战国时期商业经济已经相当发展，秦授田下的农民却依然不能避免失去土地沦为奴隶、农奴、佃农、雇农，以至逃入山林作为“盗贼”的命运。因此，汉人贾谊、董仲舒等一致谴责公孙鞅废井田事实上是占有农民私有土地的千古罪人，这也是有根据的。董仲舒说秦时“或耕豪民之田，见税什五”、“富者田连阡陌,贫者无立锥之地”，也不是诬蔑之辞。总之，公孙鞅变法以后，私有土地确实已经大大地发展了。
　　 农与商的冲突
　　 《商君列传》云：“力本业、耕织，致粟帛多者复其身，事末利及怠而贫者，举以为收孥。”这就是公孙鞅的重农抑商政策。公孙鞅认为农业、耕织是生产之本，而工商业则是末业。尤其是商业是不事生产的，它们只是转贩农民的粮食、丝织品、布匹等，只会是侵占农民的利益。公孙鞅实行授田制后，将农民定格在土地上，不能移动，以保证国家有一定的赋税来源和兵源。这直接关系到耕战政策的实施，所以他把“事末利”和“怠而贫”者同论，法律上治以重罪，将其妻子、儿女没为“官奴婢”。在战国时期，商业经济已经有了一定的发展，公孙鞅颁布的这一政策只能是起到了消极的作用。
　　 公孙鞅所施行的新法，从某种角度来看，不仅没有保护新兴的工商业和农民的利益，严刑苛法的结果反而使他们的负担更加剧加深了。公孙鞅变法根本就没有废除奴隶制，而严刑苛法和赋役的加重，连年的对外战争，反而促使农民更快地陷于破产，以至扩大了奴隶的队伍，成为秦末农民起义的同盟军。
　　 与旧贵族的利益冲突演变
　　 公孙鞅的新法虽然得到秦国民众的欢迎，却严重地触犯了旧贵族的利益，遭到旧贵族的顽强反抗。新法推行不久，就有数以千计的旧贵族反对新法。以太子的师傅公子虔、公孙贾为首的一批旧贵族，也出来捣乱并唆使太子犯法。公孙鞅对秦孝公说：“国家的法令，人人都得遵守。新法推行受到了阻碍，主要是上面的人不遵守。现在太子犯了法，也得依法惩办。由于太子是国君的继承人，不便用刑罚，太子的师傅可得担当他的罪名。”于是就把太子的师傅公子虔、公孙贾判了罪，在公孙贾的脸上刺了花(黥刑)。但是旧贵族不仅没有死心，而且随着变法的深入，斗争也日益复杂尖锐。当新法推行已有了明显效果时，那些起初说法令不便的人，又说法令便于执行了。公孙鞅说这些人都是“乱化之民”，把他们都流徙到边城去，从此就没有人再敢公开议论法令。在第二次新法公布后，旧贵族再次出来捣乱，公孙鞅把为首的祝杀掉，把屡教不改的公子虔的鼻子割掉(劓刑)。旧贵族企图暗害公孙鞅，公孙鞅在出门的时候总是要带许多卫士严加戒备。当时有一个名叫赵良的游士对公孙鞅说：“秦国人对你恨透了，你的寿命像早晨的露水一样，长不了。你不如把封邑还给国君，隐居到偏僻的地方去种庄稼。”又说：“你不要仰仗着国君为你撑腰。国君一旦死去，秦国会重重地收拾你，你的灭亡，跷着脚就可以等到。”公孙鞅没有被吓倒，仍然坚持变法。